7月26日在东京御台长海滨公园举行的铁人三项比赛中，不少运动员们出现了集体呕吐，实际上，水中存在大量大肠埃希菌和肠球菌，附近的居民也表示这里的水质很差，但是日方媒体却将其归咎于天气太热。
日本在申办阶段就打出了可持续发展的口号，在奥运村房间里配备的都是窄到极致的纸板床，这种纸板床造价高，据说这种材料可以回收，但是有不少运动员表示必要时还是会打地铺，是2021东京奥运会奇葩事件之一。
在日本茨城县水户市，53岁的高桥香代子在奥运火炬传递中拿出水枪意图熄灭火炬，她还高喊着“停止奥运，我反对奥运会”，后来被逮捕。
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